Transept Nord
La Belle Chapelle, dans le transept nord, est tout entière consacrée à la Vierge Marie. La mise au tombeau de la Vierge est sans aucun doute construite en parallèle avec la mise au tombeau du Christ du transept sud. Le personnage assis au pied du sépulcre de la Vierge fait écho à Marie-Madeleine. Et pourtant, la belle chapelle s'écarte considérablement du tombeau de Notre Seigneur par le style et l'esprit : mouvement et foisonnement du décor en sont les maîtres-mots. Il faut dire que la belle chapelle n'appartient pas à la même époque. Commencés sans doute vers 1530, les travaux ont dû se prolonger au moins jusqu'en 1553, date inscrite sur la colonnade sud. L'ensemble, complexe, se développe sur deux niveaux, et sur les trois côtés du transept.
L'iconographie débute par la scène dite de la Pâmoison, au registre inférieur de l'ensemble est. D'après la tradition, dont témoignent les évangiles apocryphes mais aussi la Légende dorée, les apôtres auraient été présents lors de la mort de la Vierge. Celle-ci fut une mort d'amour, une extase ou “pâmoison”. Ici, Pierre et Jean soutiennent Marie et, innovation iconographique, elle reçoit la communion des mains de Jésus lui-même, qui lui dit : “Reçois, ma bien-aimée, ce que bientôt je vais parfaire chez mon Père”. Debout, aux extrémités du mur nord, s'entretenant de la mort de la Vierge, on trouve saint Timothée et saint Denys l'Aéropagite. D'après saint Jean Damascène, ils auraient été témoins, avec les apôtres, de l'événement.
L'ensevelissement de la Vierge apparaît au registre inférieur du mur ouest. La scène se veut une réplique de la Mise au tombeau du transept sud. Bien que le style soit différent, on retrouve la paix et la sérénité du visage du Christ dans celui de la Vierge. L'artiste a voulu montrer que la mort de la Vierge ne fut pas un arrachement, mais son entrée dans la vie de Dieu. C'est ce que la tradition appelle la dormition.
Au registre supérieur, l'assomption représente l'entrée au ciel de la Vierge. Elle y est accueillie et entraînée par le Christ. Sous les pieds de la Vierge, deux anges portent le propitiatoire au-dessus de l'arche d'alliance. En effet, la tradition a vu dans l'arche d'alliance une préfiguration de la Vierge, elle qui a porté en son sein Dieu présent dans le monde. Agenouillé devant la scène, David joue de la harpe, tandis que d'autres personnages accompagnent sa louange.
Le programme iconographique s'achève au registre supérieur de l'ensemble est par une scène de l'Apocalypse (12, 1). La Vierge y est représentée sous l'aspect de la femme de l'Apocalypse : couronnée d'étoiles, elle porte deux ailes d'aigles. Au-dessous, un cortège de six jeunes femmes symbolise les vertus de la Vierge Au milieu, les deux vertus qui brillèrent du plus vif éclat en Marie : l’humilité et la “foi opérant par la charité”. De part et d'autre, les vertus cardinales : à droite la force et la prudence, à gauche la justice et la tempérance. Par ces vertus, Marie a vaincu la bête que chevauche la grande prostituée de Babylone, selon la description de l'Apocalypse (17, 1-6). Aux extrémités du registre supérieur du mur nord, deux personnages apparaissant à mi-corps présentent des textes expliquant notre scène de l'Apocalypse. Quatre autres personnages, situés sous l'entablement du mur nord, jouent le même rôle. D'après la tradition, qui s'appuie en partie sur les textes qui les accompagnent, il s'agit, de gauche à droite, de saint Bernard, saint Anselme, saint Augustin et saint Bonaventure.
Le mur ouest, enfin, ne porte qu'un ensemble, au registre supérieur, représentant Jésus au milieu des docteurs. D'après les évangiles, alors que Jésus avait douze ans, il resta à Jérusalem à l'issue du pélérinage annuel. Revenant sur leurs pas, Marie et Joseph le trouvèrent au Temple, en discussion avec les docteurs (Lc 2, 41-52). L'artiste a malicieusement représenté ceux-ci sous les traits des principaux réformateurs du XVIe siècle.